农民工工资保证金制度是为保护农民工的劳动报酬权益，预防和解决企业拖欠或克扣农民工工资问题而建立的一项重要措施，其操作流程如下：
1、存储主体：施工总承包单位是工资保证金的缴存单位，负责按照相关规定缴纳和管理保证金。
2、缴存方式：缴存单位可以选择现金、银行保函、商业保险公司保函等形式进行缴存，若选择银行保函或商业保险保函，需在规定的保险公司中自主选择出具机构。
3、缴存比例：缴存单位需要按照合同金额的一定比例来缴存保证金，具体比例根据工程规模和风险评估确定，一般不低于1%，不超过3%，对于特定情况下的项目，可以免予存储。
4、使用管理：保证金专项用于支付农民工的工资，任何单位和个人不得挪用，当出现欠薪时，相关管理部门会介入调查，并依法使用保证金进行清偿。
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5、补交返还：保证金使用后，缴存单位应在规定时间内补足，工程竣工且无未解决的工资拖欠问题后，可以申请返还保证金。
农民工工资保证金制度通过规范管理和操作流程，有效保障了农民工工资的正常支付，减少了因企业资金问题导致的欠薪现象。
