在处理合作建房合同纠纷时，需要综合考虑法律条款、合同约定以及实际履行情况，以下是对合作建房合同纠纷的处理方法及注意事项：
处理方式
1、协商解决：双方应尽量通过友好协商的方式解决纠纷，可以就争议的问题进行沟通和协商，寻求双方都能接受的解决方案，这种方式有利于维护合作关系，降低成本，且效率较高。
2、调解解决：如果协商不成，可以申请第三方调解机构进行调解，调解机构通常由专业人士组成，能够客观公正地协助双方解决纠纷，调解过程中，双方需保持冷静和理性，充分表达自己的意见和诉求。
3、仲裁解决：若调解未能解决纠纷，且双方事先有仲裁协议或条款，可以将纠纷提交给仲裁机构进行仲裁，仲裁具有专业性、高效性和保密性等特点，但仲裁裁决为终局裁决，不可上诉。
4、诉讼解决：如果以上方式均无法解决纠纷，任何一方都可以向人民法院提起诉讼，诉讼是解决合同纠纷的最终手段，但过程可能较为复杂和漫长，在诉讼过程中，法院将依法审查合同的有效性，并作出判决。
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注意事项
1、核实土地使用权：确保提供土地使用权的一方具有合法的土地使用权，并且该土地用途符合合作建房的要求。
2、明确合同条款：合同中应详细规定双方的权利与义务，包括建房资金的投入、房屋面积及质量标准、工期安排、收益分配等关键内容，特别是对于可能出现的违约情形及其责任承担，要有明确的约定。
3、办理审批手续：合作建房项目需按照规定办理相关审批手续，如取得建设工程规划许可证等，未经批准擅自建设可能导致合同无效。
4、保留证据材料：在合作过程中，要注意收集和保存各种书面材料和其他相关证据，以备可能发生的法律程序使用，这些证据包括但不限于合同文本、付款凭证、施工记录、通信往来等。
处理合作建房合同纠纷时应当遵循法律法规的规定，注重证据收集工作，同时优先考虑通过非司法途径解决问题。
