运输发票的抵扣税率因运输方式和发票类型而异，具体包括公路运输、航空运输、铁路运输等，其进行抵扣的流程为取得合法票据、计算可抵扣进项税额、勾选认证以及纳税申报等步骤。
运输发票的抵扣税率：
1、公路运输：
- 对于一般纳税人而言，如果取得增值税专用发票，可以按照票面金额乘以扣除率9%来计算进项税额。
- 若取得普通发票且符合特定条件（如注明旅客身份信息），也可以按规定计算进项税额。
2、航空运输：
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- 航空运输电子客票行程单上会注明票价和燃油附加费，根据这些费用计算进项税额，公式为：（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%。
3、铁路运输：
- 铁路车票的进项税额同样需要通过公式计算得出，即票面金额÷（1+9%）×9%。
4、水路及其他运输：
- 水路等其他旅客运输服务的进项税额计算方式与铁路类似，但扣除率为3%，即票面金额÷（1+3%）×3%。
如何进行运输发票的抵扣：
1、取得合法票据：确保取得的是增值税专用发票或符合规定的其他票据，如增值税电子普通发票等。
2、计算可抵扣进项税额：根据不同类型的运输服务和相应的扣除率计算进项税额，这通常涉及到将票面金额除以包含税的比例后，再乘以适用的扣除率。
3、勾选认证：登录增值税发票综合服务平台，选择抵扣勾选功能，查看并勾选需要用于申报抵扣的发票信息，之后提交勾选结果，完成发票的勾选认证。
4、纳税申报：在纳税申报时，将已认证的进项税额填写到相应的表格中，以便从销项税额中抵扣。
5、注意事项：
- 确保所有票据的真实性和合法性，避免虚假发票带来的风险。
- 及时申报抵扣进项税额，以免错过政策优惠。
- 关注政策变化，适时调整税务管理策略。
