父亲性侵女儿案件的处理流程涉及立案审查、侦查取证、起诉审判等环节，法律依据主要包括《中华人民共和国刑法》、《未成年人保护法》和相关司法解释等，这些法律法规共同构成了对性侵害未成年人犯罪的严厉惩治和预防机制。
处理流程：
1、立案审查：公安机关在接到报案后，会立即进行立案审查，确认是否存在犯罪事实需要追究刑事责任，对于重大、疑难、复杂案件，立案审查期限原则上不超过7日，如果发现幼女怀孕、产子或隐私部位遭受明显非正常损伤等情况，将直接立案。
2、侦查取证：立案后，公安机关将开展全面深入的侦查工作，收集固定证据，包括询问被害人、证人，调取物证、书证等，公安机关还会与检察机关紧密协作，确保案件依法高效办理。
3、审查起诉：侦查终结后，公安机关将案件移送至检察机关审查起诉，检察机关会对案件进行全面审查，包括证据的合法性、充分性以及是否符合起诉条件等，对于符合起诉条件的案件，检察机关将向法院提起公诉。
4、审判判决：法院在收到检察机关的起诉书后，将组成合议庭对案件进行公开或不公开审理（根据案件具体情况而定），在审理过程中，法院会听取控辩双方的意见和证据，然后依法作出判决，对于犯罪事实清楚、证据确实充分的案件，法院将依法判处被告人相应的刑罚。
法律依据：
1、《中华人民共和国刑法》第二百三十六条：明确规定了强奸罪的定罪量刑标准，其中针对未成年人实施强奸行为的将从重处罚。
2、《中华人民共和国未成年人保护法》第十一条规定：任何组织或者个人发现不利于未成年人身心健康或者侵犯未成年人合法权益的情形，都有权劝阻、制止或者向公安、民政、教育等有关部门提出检举或者控告。
3、相关司法解释：《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部关于办理性侵害未成年人刑事案件的意见》（以下简称《意见》）自2023年6月1日起施行。《意见》对性侵害未成年人刑事案件的办理程序、工作要求、法律适用、政策把握等进行了详细规定。
